Η ιστορία του πηγαίνει πίσω στους προϊστορικούς χρόνους, κάποιοι ερευνητές μάλιστα υποστηρίζουν ότι εδώ μπορεί να ήταν η αρχαία Πάννονα που αναφέρει ο Πτολεμαίος. Γι’ αυτό το χωριό έχουν γεννηθεί πολλοί θρύλοι και παραδόσεις, για ορισμένους εδώ βρίσκεται η πύλη του Άδη. Είναι ένα μέρος που υποβάλλει αισθήματα δέους στον επισκέπτη, τα μετεωρικά βράχια, οι αρχαίοι λαξευμένοι τάφοι που μοιάζουν να αιωρούνται, ο μεγάλος αριθμός των εκκλησιών που φτάνουν στα πρωτοχριστιανικά χρόνια, τα μινωικά πατητήρια και το καταπράσινο περιβάλλον συνθέτουν ένα μοναδικό σκηνικό.
Κεντρικό σημείο του χωριού αποτελεί ο ομώνυμος ναός του Αγίου Θωμά. Πρόκειται για μία τρίκλιτη βασιλική με τρούλο, που είναι χτισμένη πάνω σε αρχαίο. Τα δύο κλίτη χρονολογούνται στον 10ο αι., το τρίτο και ο πρόναος στον 14ο αι. Όπου σώζονται ακόμη οι τοιχογραφίες μαρτυρούν μια εξαιρετική τεχνική που θυμίζει ανάλογα κωνσταντινοπολίτικα έργα της περιόδου. Στοιχείο που μαρτυρεί τον πλούτο και τη σπουδαιότητα της περιοχής.
Νότια από την εκκλησία του Αγίου Θωμά υπάρχει η προτομή του τοπικού ήρωα και χαϊνη Λόγιου (Δημήτριος Βαρούχας) που επί τουρκοκρατίας ήταν ο φόβος των Οθωμανών στην ευρύτερη περιοχή της Μεσσαράς. Από εκεί ξεκινά ένα σύντομο μονοπάτι που οδηγεί στη θέση Γριά Μάντρα.
Εδώ βρίσκονται 6 λαξευτοί τάφοι που χρονολογούνται στη ρωμαϊκή περίοδο αλλά κάποια λαξεύματα μαρτυρούν ότι οι χώροι αυτοί πρέπει να χρησιμοποιήθηκαν στην προϊστορική περίοδο ως χώροι κατοικίας. Από μία κατολίσθηση που έγινε στα τέλη του 19ου αιώνα ένας βράχος έχει γείρει και οι τρεις τάφοι του έχουν πάρει περίεργη κλίση. Όλο το περιβάλλον δίνει την αίσθηση γιγάντιων και απόκοσμων βράχων, ίσως σαν ένα υπαίθριο μουσείο μοντέρνας γλυπτικής!
Από το λόφο της Γριάς Μάντρας το βλέμμα στρέφεται στον απέναντι λόφο, τον βράχο του Καβαλάρη που μοιάζει με μετεωρικό βράχο. Για να φτάσει κανείς σε αυτό το λόφο πρέπει να μπει στα στενά του χωριού όπου θα συναντήσει αρκετές εκκλησίες λαξευμένες στα βράχια με πιο σημαντική αυτή του Μιχαήλ Αρχαγγέλου. Ο ναός του Μιχαήλ Αρχαγγέλου χρονολογείται στον 12ο αιώνα αλλά τα εμφανή πρωτοχριστιανικά λαξεύματα μαρτυρούν τη χρήση του από τα πρώτα χρόνια εξάπλωσης του χριστιανισμού στο νησί.
Ακολουθώντας το καλντερίμι που ανηφορίζει στο λόφο φτάνει κανείς στο νεκροταφείο του χωριού. Εδώ βρισκόταν η αρχαία ακρόπολη του αρχαίου οικισμού που χρησιμοποιήθηκε και σαν βυζαντινό φρούριο και λατρευτικός χώρος που αργότερα μετατράπηκε σε ναό του Αγίου Γεωργίου, πλάι του έχει ανακαλυφθεί αρχαία δεξαμενή νερού.
Αυτό που τραβάει το βλέμμα στο λόφο του Καμηλάρη είναι δύο πελώριοι βράχοι που στηρίζουν έναν τρίτο σαν να είναι τοποθετημένοι από κάποιον γίγαντα. Η θέα από την κορυφή του λόφου είναι μοναδική και φτάνει από τη Ντία ως το Γιούχτα.
Λίγο πιο έξω από το χωριό, στα ανατολικά, βρίσκεται ο λαξευτός ναός του Άγιου Ιωάσσαφ του Ινδού. Πρόκειται για ένα λαξευμένο βράχο, είναι ο μεγαλύτερος και πιο εντυπωσιακός με το ύψος του να φτάνει τα 3,5μ.. Αρχικά, κατά τη ρωμαϊκή περίοδο είχε χρησιμοποιηθεί ως ταφικό μνημείο. Ανήκει στη σπάνια κατηγορία των μονολιθικών ναών και είναι περίεργο το γεγονός ότι είναι αφιερωμένος σε έναν άγνωστο άγιο της Ινδίας.
Σύμφωνα με την παράδοση ο Ιωάσαφ ήταν γιος του βασιλιά των Ινδιών και παρά τις αντιρρήσεις του πατέρα του μυήθηκε στον χριστιανισμό κι έζησε ως μοναχός στην έρημο. Κάποιοι πιστεύουν ότι τη λατρεία του αγίου την έφεραν στο χωριό Κωνσταντινουπολίτες πρόσφυγες ή ο λόγος είναι ότι ο Άγιος Θωμάς κήρυξε στην Ινδία κι έτσι δικαιολογείται και η παράλληλη λατρεία του Άγιου Ιωάσαφ. Το σίγουρο πάντως είναι πως και η λατρεία του Αγίου και το μνημείο του θάφτηκαν κάτω από το χώμα και μόλις τα τελευταία χρόνια μετά από πληροφορίες για την ύπαρξή του που βρέθηκαν στο Άγιο Όρος αποκαταστάθηκε και γιορτάζει στις 26 Αυγούστου.
Λίγο πιο κάτω βρίσκεται η Κερά Σπηλιώτισσα, που είναι ναός αφιερωμένος στην Παναγία. Πρόκειται για ένα μικρό ναό λαξευμένο εξ’ ολοκλήρου στο βράχο μπροστά από το οποίο βρέθηκαν ερείπια αρχαίων εγκαταστάσεων, κατά την παράδοση υπήρχε αρχαίο θέατρο. Πριν από τα σκαλιά που ανεβαίνουν στην εκκλησία διατηρείται αρχαία αφιερωματική επιγραφή στη θεά Δήμητρα και την κόρη της Περσεφόνη που χρονολογείται στον 1ο αιώνα μ.Χ..
Η επιγραφή αυτή δηλώνει πως κάποτε το μέρος αυτό αποτελούσε χώρο λατρείας χθόνιων θεοτήτων. Η χρήση του χώρου βέβαια πηγαίνει ακόμη πιο πίσω στο χρόνο με την αδιάκοπη χρήση του ως ιερό από τα προϊστορικά χρόνια. Θεωρείται ότι εδώ βρισκόταν ένα από τα σημαντικότερα λατρευτικά κέντρα της Κρήτης. Το σίγουρο είναι ότι η λατρευτική παράδοση συνεχίζεται εδώ και πολλούς αιώνες αφού η ευρύτερη περιοχή του Αγίου Θωμά λέγεται ότι είχε 38 εκκλησίες.
Η παράδοση και οι θρύλοι από την αρχαιότητα θέλουν εδώ και συγκεκριμένα στο σημείο που βρίσκεται το ιερό του ναού της Κεράς Σπηλιώτισσας να υπάρχει η είσοδος του Άδη. Στην πραγματικότητα πρόκειται για μια τρύπα που μετέπειτα στα χριστιανικά χρόνια καλύφθηκε με μια πλάκα. Ωστόσο οι δοξασίες παρέμειναν αρκετά έντονες που μέχρι και τα πρόσφατα χρόνια οι ντόπιοι έριχναν μέσα αφιερώματα ή προσφιλή αντικείμενα των νεκρών. Κατά κάποιο τρόπο, αυτή η παράδοση συνεχίζεται αφού ο ναός γιορτάζει την Τρίτη του Πάσχα και παλαιότερα γίνονταν μνημόσυνα με πασχαλινά γλυκά για τους νεκρούς!
Κοντά στο κτήμα Στρατάκη βρίσκεται η Παναγία Καρδιώτισσα, ένα μικρό μοναστήρι που κτίστηκε τον 7ο αιώνα, επισκευάστηκε τον 9ο και οι τοιχογραφίες του χρονολογούνται στον 13ο αιώνα. Πλάι της υπάρχει παλιό γεφύρι και νερόμυλος. Αν ανέβει κανείς το χωματόδρομο θα δει δύο από τα παλιά λαξευτά πατητήρια που υπήρχαν στην περιοχή. Λίγο πριν από την Καρδιώτισσα υπάρχει πινακίδα για το ναό των Αγίων Αποστόλων που χρονολογείται στον 15ο αιώνα και ανακαινίσθηκε το 1985 έχει εξαιρετικό προαύλιο με θέα και μια καμπάνα κατασκευασμένη από οβίδα.
Πηγή: apopsilive.gr